使用高通量NGS识别癌症靶点
癌症乳腺图集项目正在使用NovaSeq6000系统对100多万癌症乳腺癌细胞进行测序。
使用高通量NGS识别癌症靶点
摘要
概述
加文研究所的研究人员正在创建一个全面的癌症细胞图谱。
挑战
对超过一百万个个体癌症肿瘤细胞进行细胞基因组学研究。
解决方案
Swarbrick博士和他的团队选择了NovaSeq 6000系统进行测序研究，包括单细胞RNA测序（scRNA-Seq）。
好处
NovaSeq 6000系统上的高容量测序使Garvan研究人员能够快速进行测序，以生成高质量的数据。
介绍
加文医学研究所的Alex Swarbrick博士和他的同事发起了乳腺癌症图集项目，对100多万个体癌症细胞的基因组和蛋白质数据进行编目。与组织病理学数据一起，这个最先进的参考数据库将帮助研究人员和临床医生确定癌症的治疗和诊断发展目标，并在未来做出更精确的治疗决定。
“我们经常从病理学的角度来看待癌症生物学，”Swarbrick博士说。“十多年来，癌症的许多重大和变革性发现都来自该领域，包括发现有助于疾病分层的诊断生物标志物。通过结合我们对病理学的兴趣和新一代测序（NGS）方法的出现，我们意识到有机会以高分辨率了解乳腺癌的细胞组成。”
癌症的细胞基因组学
Swarbrick博士使用细胞基因组学技术来理解和鉴定肿瘤微环境中的基质-上皮信号传导。上皮癌的许多驱动因素，如癌症，是通过在细胞外空间感应细胞外配体而激活的受体。肿瘤微环境是这些配体的丰富来源。
Swarbrick博士与医学肿瘤学、病理学、外科学和放射学的临床合作者共同启动了一项计划，从澳大利亚悉尼的几家医院收集新鲜组织样本。在国家癌症基金会富有远见的资助下，癌症乳腺图集项目成立，旨在生成癌症的全面细胞图集。
专门的组织采集方法
Swarbrick博士说：“我们已经以与细胞基因组学兼容的方式收集和储存组织4-5年了。”。“这是一种新的生物资源，支撑着我们的项目。”
该团队已经完成了250多个样本的组织病理学研究。Swarbrick博士说：“我们现在可以开始使用NovaSeq 6000系统快速生成细胞基因组数据。”。“我们已经开始了这个项目，现在大约完成了15%。
“我们已经转向NovaSeq 6000系统进行我们自己的细胞基因组学研究，因为它提供了效率和经济性。”
Swarbrick博士补充道：“部分价值在于，我们一直在收集临床和组织病理学变量以及细胞基因组数据。”。“拥有大量队列的力量在于，我们可以开始将我们发现的细胞和分子特征与这些患者的临床特征和结果联系起来。”
NGS为细胞基因组学研究提供动力
在细胞基因组学研究的早期，Swarbrick博士和他的团队使用了NextSeq™500系统。Swarbrick博士说：“NextSeq 500系统敏捷、快速，操作相对简单。”。“它使我们能够快速生成数据。当一个新的样本进来时，我们可以捕获它，对其进行测序，并在几天内获得数据。”
该团队选择采用NovaSeq 6000系统来处理高容量测序项目，如乳腺癌症图谱。Swarbrick博士表示：“由于NovaSeq 6000系统提供的效率和经济性，我们已经将其用于我们自己的细胞基因组学研究。”。“我们所有的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）都是在NovaSeq 6000系统上进行的。我们仍然使用NextSeq 500系统进行转录组和表位测序细胞索引（CITE-Seq）研究，以测量单细胞表面的蛋白质水平。”
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NextSeq 500系统：该系统已停产。我们建议 NextSeq 1000和2000系统作为替代方案。