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利用新一代RNA-Seq研究微生物转录组和复转录组

微生物转录组学

微生物转录组和复转录组信息对于预测对特定抗生素的耐药性、了解宿主-病原体免疫相互作用、量化基因表达变化和跟踪疾病进展非常重要。细菌、病毒和其他微生物的下一代RNA测序(RNA-Seq)已成为分析转录组和复转录组信息的标准方法。

转录组是由生物体基因组编码的一组全面的RNA。转录组包括复杂样本中一组生物体编码的所有RNA。

细菌、病毒和其他微生物RNA-Seq实验能够注释和量化全面的微生物转录本。提取细胞RNA并转化为cDNA,用于制备测序文库。然后,序列读取被映射回参考基因组,提供外显子连接和剪接位点等特征的定性信息,以及可以在许多实验集中进行比较的定量转录数据。

与微阵列等基于杂交的方法不同,RNA-Seq能够对常见和新型转录物进行无偏见的链特异性鉴定。宽的动态范围使得在单个细菌、病毒或其他微生物RNA-Seq实验中能够自信地识别高表达和低表达。通过适用于自动化的简化工作流程,可以一次处理多个样本。

rRNA缺失的微生物转录组学

Ribo Zero Plus rRNA耗竭试剂盒在RNA-Seq之前去除rRNA,使您能够专注于转录组的高价值部分。本技术说明展示了微生物分离物和群落样本的rRNA耗竭性能,同时与之前的试剂盒版本进行了比较。

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从广泛的样本类型中快速制备文库,用于研究编码和非编码转录组,具有无与伦比的研究灵活性。

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准备细菌、病毒和其他微生物的测序文库,以分析转录组和元转录组信息。

注: 如果您使用RNA提取试剂盒,则需要生成dsDNA。

台式测序

MiSeq系统

速度、准确性和简单性,在微生物学中具有深远的应用价值。

NextSeq 2000系统

突破性的台式测序仪允许您在各种当前和新兴应用中探索新发现,具有更高的效率和更少的限制。

高通量测序
高通量微生物转录组学的强大功能,以及根据您的项目或工作流程需求进行扩展的灵活性。

NovaSeq 6000系统

生产规模基因组学的高通量和低成本。

BaseSpace Apps 用于转录分析

DRAGEN参考生成器

此应用程序接受FASTA文件,并构建DRAGEN应用程序使用的专有引用。

DRAGEN RNA管道

执行对齐、量化和融合检测。

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