微生物全基因组测序
微生物全基因组测序导论
微生物全基因组测序是绘制新生物基因组、完成已知生物基因组或比较多个样本基因组的重要工具。对整个细菌、病毒和其他微生物基因组进行测序对于生成准确的参考基因组、微生物鉴定和其他比较基因组研究非常重要。
与毛细管测序或基于PCR的方法不同，下一代测序（NGS）允许微生物学研究人员利用多路复用的能力对数百种生物体进行测序。与传统方法不同，基于NGS的微生物基因组测序不依赖于劳动密集型的克隆步骤，节省了时间并简化了工作流程。NGS可以识别低频变异和基因组重排，这些变异和重排可能会被遗漏，或者使用其他方法识别成本太高。
De Novo 微生物基因组测序
De Novo 全基因组测序涉及在不使用基因组参考的情况下组装基因组，通常用于对新的微生物基因组进行测序。足球外围投注APP-买球网站推荐测序仪为高质量的草图和完整的微生物基因组组装提供了无与伦比的原始读取精度、读取长度和读取深度。
微生物全基因组重测序
微生物全基因组重测序涉及对细菌、病毒或其他微生物的整个基因组进行测序，并将序列与已知参考序列进行比较。生成快速准确的微生物基因组序列信息对于检测低频突变、发现关键缺失和插入以及发现微生物菌株之间的其他遗传变化至关重要。
特色产品
微生物全基因组测序的建议工作流程
有多种方法可以执行这些实验，但这些是工作流每个步骤的一些建议产品。
点击 下面查看每个工作流步骤的产品。
足球外围投注APP-买球网站推荐 DNA制备文库制备试剂盒
一个快速、集成的工作流程，适用于从人类全基因组测序到扩增子、质粒和微生物物种的广泛应用。
Nextera XT库准备套件在不到90分钟的时间内为小基因组（细菌、古菌、病毒）、扩增子和质粒准备测序就绪的文库。
TruSeq DNA无PCR文库制备试剂盒
简单、全面的文库制备，缩短了无凝胶工作流程，能够对具有挑战性的区域进行测序，并能够识别整个基因组的变异。
BaseSpace Apps 对于 De Novo 重叠群和支架的组装或映射
天鹅绒 De Novo组装De Novo 使用Velvet组装器组装细菌，重点是Nextera Mate Pair数据。
字符串图组装器执行连续装配，构建支架，删除配对适配器序列，并计算装配质量指标。
SPAdes基因组组装器用于组装微生物基因组序列的在线生物信息学工具。
Prokka基因组注释
快速注释基因并鉴定原核基因组中的编码序列，从 De Novo 装配顺序。
重新咖啡改善细菌支架 De Novo 通过消除组装错误和缩小共识序列中的差距来组装。
TELLSeqTell-Read和Tell-Link应用程序链接为从头开始的WGS读取和创建程序集。
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其他资源
工具书类
- Köser CU、Bryant JM、Becq J、TöröK ME、Ellington MJ等人（2013）结核分枝杆菌快速药敏试验的全基因组测序。新英格兰医学杂志369（3）：290–2。
- Harrison EM、Paterson GK、Holden MT、Larsen J、Stegger M等人（2013）全基因组测序确定了MRSA分离株与新型mecA同源物mecC的人畜共患传播。EMBO分子医学5（4）：509–15。
- Kato Maeda M，Ho C，Passarelli B，Banaei N，Grinsdale等人（2013）利用全基因组测序确定爆发期间结核分枝杆菌的微观进化。《公共科学图书馆·综合》8（3）：e58235。