微生物基因组学研究

识别和比较复杂微生物组或环境中的微生物

基于NGS的ITS和16S rRNA基因测序是一种无需培养的方法，用于鉴定使用其他方法可能无法发现的细菌或真菌

16S和ITS rRNA测序

什么是16S和ITS rRNA测序？

16S和内部转录间隔区（ITS）核糖体RNA（rRNA）测序是用于鉴定和比较给定样品中存在的细菌或真菌的常见扩增子测序方法。基于下一代测序（NGS）的ITS和16S rRNA基因测序是比较难以或不可能研究的复杂微生物组或环境中的样本系统发育和分类学的成熟方法。

原核16S rRNA基因长约1500 bp，保守区之间散布着9个可变区。16S rRNA基因的可变区经常用于不同微生物种群中属或种的系统发育分类。1rRNA顺反子的ITS1区域是宏基因组样本中鉴定真菌物种的常用DNA标记。2

细菌

16S测序方法指南

与毛细管测序或基于PCR的方法相比，基于Amplicon的下一代16S基因测序具有几个优势。通过本16S测序方法指南了解其工作原理。

Shotgun宏基因组学方法指南
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基于NGS的ITS和16S rRNA分析的优势

16S和ITS核糖体RNA NGS方法的一个关键好处是，它们提供了一种经济有效的技术来鉴定使用传统方法可能无法发现的菌株。与毛细管测序或基于PCR的方法不同，下一代测序是一种无需培养的方法，可以分析样品中的整个微生物群落。  

16S rRNA NGS使微生物学家能够实现细菌种群宏基因组调查的属级灵敏度。使用NGS进行ITS分析可以快速鉴定真菌，有助于加深我们对真菌群落的理解。此外，NGS提供了在测序运行中组合多个样本的能力。

科学家讨论16S rRNA测序

NGS正在揭示微生物的神秘世界
微生物的神秘世界

Phil Hugenholtz博士解释了16S rRNA和霰弹枪宏基因组测序之间的区别，并描述了NGS如何在他的研究中发挥作用。

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16S和ITS rRNA测序的应用

细菌鉴定和比较的16S宏基因组学

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真菌基因组研究中的真菌测序和分类

通过ITS宏基因组学工作流程，对不同样本类型中的真菌进行属级检测。

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微生物学方法指南

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演示了16S和ITS rRNA NGS协议

16S rRNA测序方案
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查看细菌16S rRNA扩增子测序的演示协议和常见问题解答，以及使用该协议生成并在MiSeq系统上运行的库中的示例数据集。

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ITS rRNA测序方案
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查看用于分析真菌或宏基因组样本的演示协议，其中包括引物序列，并提供推荐的数据分析工作流程。

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微生物与宏基因组学研究综述

宏基因组学是发展最快的科学学科之一。本文重点介绍了将足球外围投注APP-买球网站推荐测序技术应用于宏基因组学研究的同行评审出版物。

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ITS和16S rRNA测序的工作流程

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16s rRNA测序常见问题

16s rRNA是核糖体的一个亚基，存在于所有细菌和古菌中。它长1500个核苷酸，包含9个可变区，散布在保守区之间。

16s rRNA测序是一种无需培养的方法，用于鉴定和比较难以研究的复杂微生物组或环境中的细菌多样性。它通常用于识别给定样本中存在的细菌，直至属和/或种水平。具体来说，这是一种基于扩增子的测序方法，使用聚焦于单个基因的单个扩增子靶向16s rRNA细菌特异性遗传标记。

由于16s rRNA序列在细菌和古菌中无处不在，因此可用于在单个样本和单个工作流程中鉴定多种微生物。通过 16s rRNA测序，可以识别样本中存在的分类群。这有助于更好地了解我们的微生物群落及其与我们的相互作用。

核糖体及其亚基都以它们的沉降系数为特征，以斯维德伯格单位表示（符号：S）。在这种情况下，16秒意味着核糖体在溶液中沉淀需要16斯维德伯格单位的时间。

所有细菌和古菌都有16s rRNA序列。

在16S rRNA的扩增子测序中，使用的引物在细菌间不是100%保守的区域内结合。这导致某些细菌的某些区域不包括在测序中。此外，叶绿体与16s rRNA基因有一些同源性，可能会扩增。由于微生物组样本可能来自各种来源，成分各异，建议在调查新样本类型时使用对照样本。

16S DNA是指细菌基因组中编码16S rRNA的基因。16S rRNA是从16S DNA基因转录的rRNA。这个 足球外围投注APP-买球网站推荐 16S宏基因组测序文库的制备 该方案使用DNA作为输入，PCR引物靶向16S DNA基因的可变区V3和V4进行扩增子PCR。

16S演示协议提供了一种从您选择的目标创建足球外围投注APP-买球网站推荐兼容库的选项。真菌和其他生物没有16s rRNA基因，但它们有其他保守区域，如18S和ITS区域。任何扩增子都可以用于进行类似的多样性分析研究。

rRNA顺反子的内部转录间隔区1（ITS1）是宏基因组样本中鉴定真菌物种的常用DNA标记。⁵

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16S rRNA测序网络研讨会
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详细了解我们演示的16S rRNA分析工作流程，包括数据可视化和成功案例。

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工具书类
  1. Weisburg WG，Barns SM，Pelletier DA，Lane DJ.用于系统发育研究的16S核糖体DNA扩增。J细菌学。1991;173(2):697–703
  2. Schoch CL、Seifert KA、Huhndorf S等。核糖体内转录间隔区（ITS）作为真菌的通用DNA条形码标记。美国国家科学院院刊。2012;109(16):6241-6
  3. 人类微生物组项目联盟（2012）健康人类微生物组的结构、功能和多样性。自然486:207-14。
  4. McCafferty J、Mühlbauer M、Gharaibeh RZ、Arthur JC、Perez Chanona E.等人（2013）在小鼠模型中，随着时间的推移，随机变化而非创始人效应驱动了微生物群落组装中的笼效应。ISME期刊doi:10.1038/ismej.2013.106。
  5. Schoch CL、Seifert KA、Huhndorf S等。核糖体内转录间隔区（ITS）作为真菌的通用DNA条形码标记。美国国家科学院院刊。2012;109(16):6241-6.