免疫肿瘤学研究
用于表征肿瘤的基因组工具
免疫生态学是一个新兴领域，在对抗癌症的斗争中取得了长足进步，这得益于对肿瘤如何逃避自然免疫反应的更好理解。领先的免疫肿瘤学研究人员正在利用下一代测序（NGS）来研究免疫治疗反应因子、生物标志物和基因组学，以改善个性化免疫治疗研究。
免疫肿瘤学对肿瘤逃避免疫反应的机制的研究带来了有前景的治疗靶点。这些疗法提高了免疫系统靶向癌症的能力，或限制了肿瘤逃避免疫反应的能力。此外，NGS可以帮助识别哪些途径在肿瘤环境中被激活，以及它们如何参与癌症细胞增殖、存活、侵袭和转移等过程。
基于NGS的免疫肿瘤学研究解决方案
肿瘤微环境与免疫组成
NGS是一个强大的工具，可以提供癌症基因组的详细分析。它还可以以高灵敏度实时有效地评估肿瘤微环境，以监测免疫标志物对肿瘤生长或治疗的反应。NGS可以表征免疫细胞库，鉴定微环境中的各种细胞群，并同时全面量化数千个靶点的基因表达。
肿瘤突变负荷和新抗原预测
NGS还可以帮助研究人员识别新抗原，研究创新疗法以增强免疫反应，并了解遗传变异如何影响其疗效。NGS还使预测性选择新的肿瘤抗原成为可能，这些抗原可用于引发肿瘤特异性反应。
肿瘤微环境分析的空间转录组学
空间转录组学提供了绘制在组织切片上的基因表达模式的拓扑排列，以连接结构和活性。这种能力使研究人员能够在细胞水平上阐明生物相互作用，以获得对复杂组织（如肿瘤微环境）的新见解。
癌症肠道微生物组成
NGS可用于研究宿主-微生物群落相互作用对癌症发展、进展和治疗效果的影响。NGS可以描述不同环境中的微生物群落，这对于识别可能用于开发癌症新治疗方法的物种或条件至关重要。
肿瘤微环境中的单细胞分析
单细胞RNA测序（scRNA-Seq）正越来越多地用于以单细胞分辨率研究癌症和肿瘤微环境的转录组谱。免疫细胞研究与单细胞转录组学相结合，已被应用于了解癌症免疫监测和免疫疗法耐药性的关键因素。
基于NGS的癌症研究应用
| 新抗原， 突变负荷 |
表达式 剖析 |
微生物组（16S） 测序 |
TCR/BCRa 剖析 |
表观遗传学 剖析 |
|
|---|---|---|---|---|---|
| 治疗应用 | |||||
| 检查点抑制剂 | |||||
| 疫苗 | |||||
| 收养细胞疗法 | |||||
| 预后 | |||||
| 微生物组 | |||||
| 免疫系统 | |||||
| 监测 |
-关键应用
a TCR，T细胞受体；BCR，B细胞受体
肿瘤学研究中的多组学——多层信息为肿瘤生物学提供了新的见解，这是仅靠单一组学研究无法解决的。
免疫肿瘤学研究中的多组学方法
多组学研究整合了来自基因组学、表观基因组学、转录组学、宏基因组学和蛋白质组学方法的高维数据集，通常使用计算和网络生物学来解释这些技术产生的大量数据。将多组学应用于临床研究数据，增强了现有组学方法的发现能力，以发现新的生物标志物和免疫治疗靶点。
此外，多组学方法可以提供肿瘤和微环境分子特征的全面视图。
免疫治疗研究的NGS工作流程
足球外围投注APP-买球网站推荐提供多种库制备和测序选项，并可访问免疫肿瘤学研究的数据分析选项。简化的工作流程和灵活的试剂盒配置可以适应多种研究设计。
图书馆准备
AmpliSeq用于足球外围投注APP-买球网站推荐 Immune Repertoire Plus，TCRβ小组
靶向RNA研究小组通过测序T细胞受体β链重排来研究T细胞多样性和克隆扩增。
足球外围投注APP-买球网站推荐链状总RNA制剂，带RiboZero Plus
为编码和多种形式的非编码RNA的分析提供卓越的性能。获得替代转录本、基因融合和等位基因特异性表达的高置信度发现。
照亮DNA制备
一个快速、集成的工作流程，适用于从人类全基因组测序到扩增子、质粒和微生物物种的广泛应用。
测序
NovaSeq X系列
NovaSeq X系列提供了广泛的应用范围，实现了生产规模的数据密集型方法。
NovaSeq 6000系统
可扩展的吞吐量和灵活性，适用于几乎任何基因组、测序方法和项目规模。
NextSeq 1000和2000系统
这些经济高效、用户友好、中等吞吐量的台式测序仪为支持新兴应用提供了极大的灵活性。
数据分析
BaseSpace序列中心
用于NGS数据分析和管理的足球外围投注APP-买球网站推荐基因组学计算环境。
BaseSpace序列中心RNA Amplicon应用程序
RNA Amplicon应用程序使用在足球外围投注APP-买球网站推荐平台上测序的扩增子面板进行基因表达谱分析。
本地运行管理器RNA Amplicon模块
一种集成解决方案，旨在创建测序运行、监控运行状态、分析测序数据和查看结果。
癌症研究方法指南
《癌症研究方法指南》是一个40多页的综合资源，具有简单、全面的工作流程，适用于各种癌症研究应用。本指南包括单细胞测序、空间测序、甲基化分析、多组学、无细胞RNA测序等。
下载免费指南免疫肿瘤学资源
用基因组学改造肿瘤学
安大略癌症研究所和联合健康网络的研究人员分享了通过基因组研究了解更多癌症生物学如何使大学和卫生系统能够推进抗击癌症的斗争。
为癌症研究启用IR-Seq
这张可下载的海报概述了癌症研究的一个新的可扩展工具，以实现全长V（D）J免疫库测序（IR-Seq）。
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癌症研究综述
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癌症研究应用
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工具书类
- Caushi JX、Zhang J、Ji Z等。 抗PD-1治疗的肺癌中新抗原特异性TIL的转录程序。 自然。2021;596(7870):126-132. doi:10.1038/41586-021-03752-4